Учёный совет филиала Московского государственного университета имени М.В. Ломоносова в городе Душанбе является выборным представительным коллегиальным органом управления, осуществляющим общее руководство Филиалом. Работа Учёного совета проводится в плановом режиме. План работы Учёного совета формируется высшим руководством Филиала, исходя из перспективных направлений его развития. Решения Учёного совета по вопросам, относящимся к его компетенции, являются обязательными для выполнения структурными подразделениями, а также всеми работниками и обучающимися. В его состав входят: директор, который является его председателем, исполнительный директор, заместители исполнительного директора, кураторы направлений подготовки, деканы факультетов и учёный секретарь. Другие члены Учёного совета (представители структурных подразделений по основным видам деятельности) избираются на конференции работников тайным голосованием, также предусматривается представительство общественных организаций. Срок полномочий Учёного совета составляет два года. Досрочные выборы членов Учёного совета проводятся по требованию не менее половины его членов. Заместителем председателя Учёного совета является исполнительный директор. Заместитель председателя замещает Председателя в его отсутствие, выполняет другие полномочия, предоставленные ему Председателем. Учёный секретарь назначается на должность директором и является членом Учёного совета. Количественный состав Учёного совета определяется в соответствии решением ректора Московского государственного университета имени М.В. Ломоносова.
Основными задачами Учёного совета являются:
Основной формой работы Учёного совета является заседание, которое согласно Уставу Московского государственного университета имени М.В. Ломоносова, проводится не реже одного раза в два месяца в течение учебного года. Внеочередное заседание Учёного совета может созываться по предложению Председателя, а также по инициативе его членов. В каждом случае учёный секретарь информирует письменно членов Учёного совета о повестке дня внеочередного заседания не менее чем за один день до начала заседания.
С целью качественной подготовки наиболее значимых и объёмных вопросов, вносимых на рассмотрение Учёного совета, могут создаваться рабочие комиссии по различным направлениям деятельности, состоящие из числа членов Учёного совета, профессорско-преподавательского состава и привлекаемых на общественных началах специалистов (количественный и персональный состав комиссий утверждается Учёным советом открытым голосованием большинством голосов от общего числа его членов).
Рабочие комиссии заблаговременно изучают все необходимые материалы и готовят проекты постановлений для заседания Учёного совета.