Основная образовательная программа реализуется в Филиале Московского государственного университета имени М.В. Ломоносова в г. Душанбе в соответствии с Федеральным государственным образовательным стандартом высшего профессионального образования по направлению подготовки «Прикладная математика и информатика». Целью образовательной программы является подготовка выпускника, обладающего следующими квалификационными характеристиками: исследовательская деятельность в областях, использующих математические методы и компьютерные технологии; созданиеи использование математических моделей процессов и объектов; разработка эффективных математических методов решения задач естествознания, техники, экономики и управления; программно-управленческой, научно-исследовательской, проектно-конструкторской и эксплуатационно-управленческой деятельности.
Область будущей профессиональной деятельности связана с технической поддержкой и обслуживанием программного обеспечения подразделений банков, страховых и финансовых компаний, государственных и частных корпораций (отделов информационных технологий, финансовых, аналитических и маркетинговых департаментов). Словом, везде, где в повседневной работе применяются методы прикладной математики и компьютерные технологии, а таких областей становится с каждым днём всё больше.
Основной акцент в обучении - фундаментальная математика, на которую приходится до 45% учебного времени только на младших курсах. Перечень изучаемых предметов обширный - это математический анализ и дифференциальные уравнения, геометрия и алгебра, физика и уравнения математической физики, математическая логика и языки программирования (C/C++, Java, Delphi), системное и прикладное программное обеспечение, СУБД, схемы работы операционных систем и принципы управления ресурсами, методы организации файловых систем, принципы построения сетевого взаимодействия и основные методы разработки программного обеспечения и т.д.
На выпускном курсе студенты данного направления продолжают теоретическое обучение и работу над выпускными квалификационными проектами на механико-математическом факультете Московского государственного университета имени М.В. Ломоносова.