Научная библиотека - одно из подразделений в структуре Филиала с 2009 года. В основу фонда легли книги, переданные Исполнительным аппаратом Президента Республики Таджикистан, Министерством образования и науки Республики Таджикистан, научной библиотекой Московского государственного университета имени М.В. Ломоносова, научно-производственным объединением «Фонон», а также приобретённая и дарственная литература. С открытием нового здания Филиала были выделены специальные аудитории для электронной библиотеки, читального зала и книгохранения. В залах библиотеки для пользователей созданы все условия, красиво оформленны интерьеры, установлены компьютеры с доступом в Интернет, оборудована современная мебель. В читальном зале постоянно действует книжная выставка новых поступлений библиотеки. Библиотека отвечает всем современным требованиям: организована система работы по обеспечению учебно-воспитательного и научного процессов необходимой литературой. Читателям библиотеки доступны и традиционные виды информационно-библиотечной деятельности, изменяемые с учётом времени.
Библиотека, как одно из основных структурных подразделений, внедряет в свою деятельность систему менеджмента качества, что позволяет повысить результативность деятельности библиотеки в информационно-образовательной среде, своевременную реакцию на происходящие изменения, умение корректировать стратегию, обоснованно определять приоритеты и эффективно распределять ресурсы. Научной библиотекой (электронная и традиционная библиотеки) пользуются студенты, преподаватели, сотрудники, учащиеся лицея и слушатели подготовительных курсов, которым выдаётся литература для самостоятельной подготовки к занятиям в читальном зале, предоставляется возможность работы с Интернет-ресурсами для поиска необходимой информации и работы с базами данных.
Библиотечный фонд постоянно пополняется многоотраслевой по составу научной литературой, формирующейся по специальностям, с учётом всех направлений учебного и научного процессов, изданиями, отвечающими требованиям программ высшей школы. Основным богатством фонда, безусловно, являются новейшие классические университетские учебники, изданные Московским государственным университетом имени М.В. Ломоносова. В фонде библиотеки имеются зарубежные издания, справочная литература и документы на электронных носителях. Фонд периодических изданий библиотеки состоит из официальных газет и журналов Республики Таджикистан и Российской Федерации. С официального разрешения ректора Московского государственного университета имени М.В. Ломоносова электронная библиотека Филиала имеет доступ к электронной библиотеке Московского университета. Общий фонд научной библиотеки составляет 197 705 экземпляров учебной, учебно-методической, научной и художественной литературы из которых 120 000 экземпляров в электронном формате.
Заведующим библиотекой с 2010 по 2017 год был Ярбабаев Р.И. В 2018 году - Мамарахимов Ч.Р. С 2019 по 2021 год заведующим библиотекой работал Саидов С.С. В период с 2012 по 2014 год на должности библиотекаря работала Набиева Д.А. С 2014 по 2018 год должность библиотекаря занимала Хусанова М.Б. С 1 июня 2018 года по настоящее время библиотекарем является Набиева Д.А.