В учебном процессе Филиала используются все существующие виды обучения – лекционные занятия, практические, лабораторные. Наличие современного лабораторного практикума позволяет глубже освоить теоретический материал, приобрести практические навыки работы с использованием лабораторного оборудования. Лабораторный практикум - существенный элемент учебного процесса, в ходе которого студенты фактически впервые сталкиваются с самостоятельной практической деятельностью в конкретной области. Занятия в лабораториях являются связующим звеном между углубленной теоретической работой обучающихся на лекциях, семинарах и применением знаний на практике.
Для направления геологии в Филиале существуют три лаборатории: геология, инженерная геология, гидрогеология и геокриология, а также лаборатория грунтоведения.
Лаборатория геологии обеспечивает как лекционные, так и практические занятия по всем общегеологическим дисциплинам. В ней имеются учебные коллекции по минералогии, петрографии, литологии, палеонтологии, кристаллографии, общей геологии. Карты, разрезы, схемы и другие учебные пособия позволяют проводить здесь занятия по многим дисциплинам – исторической, четвертичной, структурной геологии, геологии России и др. Поляризационные и бинокулярные микроскопы, радиометры, магниты, ультрафиолетовые лампы, реактивы, эталонные минералы, наряду с другими приборами составляют диагностическое оборудование лаборатории. В лаборатории имеется собственная библиотека, включающая не только учебники, но и литературу профессиональной периодики, словари, академические издания и популярные, общекультурные источники. Небольшой музей в лаборатории собрал минералогические, палеонтологические, исторические образцы уникальных геологических находок не только Таджикистана, но и России и многих зарубежных стран, а также подарки коллег и свидетельства достижений студентов и лаборатории в целом.
Лаборатория инженерной геологии, гидрогеологии и геокриологии, как следует из названия, является специализированной. Имеются необходимые приборы, дополненные геофизическим оборудованием. Многие приборы сделаны руками самих студентов, а некоторые подарены преподавателями и учеными соответствующих кафедр геологического факультета МГУ.
Лаборатория грунтоведения является, пожалуй, самой современной и технологичной в Филиале. Основу ее составляет универсальный автоматизированный испытательный комплекс АСИС шестого поколения производства компании "Геотек". Он разработан для решения сложных задач, связанных с исследованием механических свойств грунтов и горных пород всех классов. Результаты испытаний на этом комплексе используются в строительстве, нефтегазовой, горнорудной, космической областях. Неудивительно, что студенты-геологи выполняют самостоятельные курсовые и дипломные работы с использованием имеющегося оборудования и зачастую весьма сложные, которые невозможно было бы выполнить на другом оборудовании в стране. Часто за помощью в решении сложных инженерно-геологических задач с использованием нашего оборудования к нам обращаются коллеги из других геологических организаций.
В геологических лабораториях Филиала активно реализуются научно-исследовательские работы в области геологических наук. Данные полевых работ студентов, полученные в ходе учебных практик на геологическом полигоне Филиала Зидди, в дальнейшем обрабатываются в лабораториях и составляют основу курсовых и дипломных работ. Профессионально - ориентированная направленность позволяет выпускникам работать в крупных геологических организациях на ответственных позициях, имея репутацию высококлассных специалистов. Достаточно сказать, что основу кадрового геологического контингента строящейся ГЭС Рогун составляют именно выпускники геологического направления Филиала, впрочем, как и основных геолого-изыскательских организаций Таджикистана, таких как ОАО «НИПИИСАНИИОСП», Институт геологии Академии наук Республики Таджикистан, Главное управление геологии при Правительстве Республики Таджикистан, Министерство транспорта и др.
Со дня образования до ноября 2022 года должность заведующего лабораторией занимал кандидат геолого-минералогических наук Салихов Фарид Салохиддинович, а с ноября 2022 года должность заведующего занимает выпускник Филиала Магдиев Мухамадамин Махмудович. В разные годы в качестве лаборанта в лаборатории геологии работали следующие выпускники Филиала: Мухидинов Акрам Давронович, Акрамов Азим Авазжонович, Мамадалиев Муродулло Алимхонович и Ватанбеков Хушанг Зафарович.
