Бухгалтерия была организована одновременно с открытием Филиала, её основными функциями являются следующие:
С открытием Филиала бухгалтерия вносила существенное значение в организацию и совершенствование административного корпуса. Непосредственно участвовала при создании системы учета, его формирования и отчетности, подготовке здания Филиала для первого учебного года.
Первым главным бухгалтером была Ибодова Зарина. В разные годы в бухгалтерии работали Орзуев Хаёл, Сироджова Навбахор, Мирзоев Пулод, Умарова Елена. Следует отметить, что при формировании бухгалтерского учета и отчетности огромный вклад вносили Назриев Одинахмад Боякович, Ибодова Зарина и Орзуев Хаёл. В данное время бухгалтерию возглавляет Назриев О.Б.
Ныне в бухгалтерии работают Табарова Сафарби, Саибова Джамила и Сафаров Мустафо.